Побег из Абстерго
Игра начинается с того самого момента, на котором закончилась первая часть. Дезмонд смотрит на символы, написанные кровью, на стене. В комнату входит Люси со следами крови на одежде. Она требует, чтобы Дезмонд срочно лег в Анимус. Дезмонд переносится в воспоминания, когда рождается ребенок, мальчик. В комнату входит мужчина – отец ребенка, берет его на руки.

Используем клавиши управления, чтобы малыш совершил некоторые действия. Парню дают имя Эцио Аудиторе да Фиренце.
Дезмонд покидает Анимус, Люси достает из него блок памяти. Следуем за Люси по коридорам Абстерно. Она обезвреживает пару охранников, входим в лифт и спускаемся.

Бежим через огромный зал с Анимусами к лифту, слушаем подсказки Люси. Дезмонд использует орлиное зрение, чтобы ввести код от лифта.
Оказавшись на парковке, избиваем всех охранников. После чего залезаем в багажник машины, Люси вывозит нас с базы корпорации.

Штаб-квартира
Мы оказались на базе ассасинов. Поднимаемся по лестнице и знакомимся с нашей командой. Шон Гастингс – историк и аналитик, Ребекка Крейн – инженер. После знакомства с командой погружаемся в Анимус 2.0 – изобретение Ребекки. Одна из целей перенять навыки предка Дезмонда с помощью эффекта просачивания, чтобы бороться с орденом тамплиеров. А Дезмонд и не против.

Переносимся в 1476 г. во Флоренцию. Основным действующим персонажем становится Эцио. Ребенок превратился во взрослого юношу 17 лет.

Две группировки молодых парней устроили разборки. Противник кидает камень, попадает в Эцио и разбивает ему верхнюю губу. Теперь Эцио имеет тот же шрам на лице, как у Дезмонда и Альтаира.
Последовательность 1
Мальчишки
Сражаемся с людьми из противоположной банды, предводителем которой является Вьери Пацци. Избиваем противников, используя кулаки и захваты. На помощь приходит старший ребенок семьи Аудиторе и брат Эцио – Федерико.

После победы над противником, можно обыскать тела, чтобы найти деньги или другие предметы. Для начала нам нужны только деньги на врача для Эцио. Собираем 200 флоринов.
Видели бы вы другого парня
Бежим за Федерико к врачу. Знакомимся с основами паркура игры. Здесь он бодрее, чем в первой части. Врач штопает нашего персонажа за 200 флоринов.

Братья-соперники
Добираемся на крышу церкви быстрее брата. Опередив Федерико, братья вмести взбираются на башню – точка обзора. Эти башни нужно использовать, чтобы открывать видимость на карте.

Стаканчик перед сном
Нужно навестить возлюбленную – Кристину Веспуччи. Прыгаем с башни в стог сена. Мимо стога пройдет Вьери со своими людьми. Они ищут Эцио. Выбираемся из сена и, избегая врагов(красные точки на карте), добираемся к дому Кристины. Поднимаемся по стене дома и входим через окно. Девушка не против встречи.

Утром Эцио находит отец Кристины и спускает на нас стражу. Скрываемся от преследования и направляемся в поместье Аудиторе.
Посыльный
На пороге нас встречает отец – Джованни – флорентийский дворянин, банкир. Он требует сына идти за ним.

Сначала он отчитывает парня, а после проявляет свою благосклонность. Ссылается на то, что в возрасте Эцио сам был точно таким.
Джованни дает поручение – доставить письма для Лоренцо Медичи. Бежим к активной отметке на карте. Медичей на месте не оказалось, они в отъезде на своей вилле. Возвращаемся к Джованни. В это время он встречался с Уберто Альберти – близким другом.

Эцио сообщает, что письмо доставил, только Лоренцо Медичи нет в городе. Уберто успокаивает Джованни, говорит, что пару дней роли не сыграют. Джованни отпускает Эцио, чтобы он помог остальным членам семьи.
Расплата за измену
Игра знакомит нас с младшей сестрой Эцио – Клавдией.

Она расстроена из-за своего парня, Дуччо. Она подозревает его в измене. Находим негодяя, чтобы защитить честь сестры. Избиваем этого авантюриста на глазах его новой пассии.

Друг семьи
Отправляемся с мамой в мастерскую Леонардо да Винчи. Во время «прогулки» мы узнаем, что отец Вьери Пацци находится в тюрьме за убийство. А Джованни должен будет выступить в суде, так как имеет на руках неопровержимые доказательства вины Франческо Пацци.
В мастерской мы знакомимся с Леонардо. Берем коробку и относим ее домой.

Тайна Петруччо
Последнее задание для членов семьи. Петруччо – младший брат Эцио, просит достать гас орлиные перья за отведенное время(2:30 мин.).

Собираем перья и возвращаемся к братишке. Для чего ему перья, он пообещал рассказать позже.

Особая доставка
Джованни дает еще поручения: доставить два письма и забрать письмо из голубятни. Первое письмо доставляем для странной парочки(вор и куртизанка):

Второе письмо настороженному разбойнику, который ожидал, что за Эцио могли следить. Разбойник говорит, что «они» выезжают ночью, советует Джованни поступить также:

Из голубятни забираем письмо. Но в этот момент по площади пробегает стража, что выглядит довольно странно.
Возвращаемся домой и, в зависимости от реакции игрока, получаем(или нет) вазой по голове от служанки. Она сообщает Эцио, что его отца и братьев отвели в тюрьму. С сестрой и мамой все в порядке, но Мария не произнесла ни слова после ареста мужа и сыновей.
Служанка пообещала отвести девушек в безопасное место. Эцио же отправляется к отцу за ответами на вершину башни Дворца Синьории.
Узник
Эцио также в розыске, поэтому по дороге избегаем посты стражи. Проще всего пробраться по крышам. Поднимаемся на вершину башни и встречаем отца.

Джованни дает очередное поручение сыну. Дома в кабинете есть тайник. Эцио должен забрать из него все вещи, письмо и документы. Бумаги нужно отнести Уберто Альберти.
Наследство
В доме используем орлиное зрение, чтобы найти тайник. Эцио забирает вещи из сундука, облачаясь в мантию ассасина.

Выходим на улицу и встречаем пару стражников. Арестовывать они нас не планируют, а значит достаем клинок и избавляемся от них.
Бежим к дому Уберто. Эцио передает ему бумаги и сообщает о происходящем. Альберти успокаивает юношу, говорит, что это ошибка и завтра все будет исправлено. В доме Уберто мелькнула фигура незнакомца.

Последний герой
Утром отправляемся на площадь, где будет проходить суд над Джованни, Федерико, Петруччо. Уберто оказался предателем. Он обвиняет семью в измене и приводит приговор в действие.

Эцио пытается прорваться через толпу, но уже поздно. Отец и братья погибли. Стража пытается схватить нас, поэтому прислушиваемся к словам вора и куртизанки, бежим с места казни.
